Najväčším ohrozením pre medveďa hnedého je pytliactvo a úmrtnosť na cestách. Napríklad v roku 2012 bolo na území Malej a Veľkej Fatry zistené osem prípadov pytliactva, čo bolo viac, než stanovuje povolená kvóta na legálny odstrel (Kalaš, 2013). V okolí NP Malá Fatra bolo v rokoch 1997-2012 zaznamenaných 26 kolízií na cestách a železniciach, pri ktorých bolo zrazených 27 medveďov. Za sledované obdobie sa na celkovej známej úmrtnosti druhu doprava podieľala 28% (Kalaš, 2012). Prípady prejdeného alebo upytlačeného medveďa boli zaznamenané aj v Beskydách. Okrem toho môže medvede ohrozovať intenzívne lesné hospodárenie, ktoré znižuje diverzitu a úživnosť lesov. Hrozbou je tiež nezabezpečený voľne prístupný komunálny odpad, ktorý prispieva k vzniku tzv. Synantropných medveďov (Rigg & Baleková, 2003).