Hrozby
Pytliactvo je najväčšou hrozbou pre rysy v ČR. V Beskydoch boli v období 2000-2002 nájdení tri upytlačení jedinci a jeden rys zrazený autom (Bartošová, 2003).
Že sa jedná len o špičku ľadovca, nasvedčuje telemetrický výskum uskutočnený na Šumave, kde bolo 7 zo 14 sledovaných zvierat preukázateľne alebo veľmi pravdepodobne upytlačených (Koubek & Červený 2003c). Medzi rokmi 1990-1998 bolo v celej česko-bavorsko-rakúskej populácii zistené 35 upytlačených rysov, čo tvorilo viac ako 77% známej mortality rysa (Wölfl et al., 2001).
Zabité rysy na cestách sú veľkou stratou pre populáciu, zvlášť v okrajových častiach areálu výskytu. V rokoch 2001-2012 bolo v okolí Malej Fatry, zasahujúcim do okresov Dolný Kubín, Martin a Žilina, zaznamenaných šesť prípadov fatálnych zrážok rysa s motorovými vozidlami (Kalaš, 2012b). Z ČR je najčerstvejším prípadom nález rysa zabitého autom na diaľnici D1 na jeseň 2013 neďaleko obce Koberovice u Humpolca. Jednalo sa pravdepodobne o migrujúceho jedinca.
Nielen samotná doprava, ale tiež strata biotopov a fragmentácia prostredia z dôvodu výstavby dopravnej infraštruktúry či priemyselných areálov ohrozuje dlhodobú existenciu rysa. V porovnaní s vlkom alebo medveďom, má táto mačkovitá šelma pomerne malé schopnosti disperzie v kultúrnej krajine, čo môže viesť k postupnej izolácii a strate genetickej variability populácií.