Rysie preferują środowiska leśne charakteryzujące się dużym zróżnicowaniem pod względem stopnia zwartości drzewostanu, gęstości podszytu, występowania martwych drzew, wykrotów, zakrzaczeń, młodników oraz śródleśnych polan (Podgórski i in. 2008). Preferencje siedliskowe gatunku bardzo silnie związane są z jego biologią i behawiorem. Jako drapieżniki atakujące ofiarę z zaskoczenia z niewielkiej odległości, na miejsca łowów wybierają środowiska o dużej liczbie struktur (takich jak zwalone pnie drzew, wykroty i gęste zarośla) pozwalających na zbliżenie się do ofiary na jak najmniejszą odległość. Jednocześnie miejsca te powinny zapewniać odpowiednią widoczność i umożliwiać dokładną ocenę odległości od potencjalnej zdobyczy (Okarma i Schmidt 2013). Z tego też powodu na miejsca polowania drapieżniki te wybierają siedliska o mniejszym stopniu zwarcia drzewostanu (często w sąsiedztwie niewielkich śródleśnych polan), aniżeli miejsca późniejszego ukrycia zdobyczy. Wyniki badań przeprowadzonych w Szwajcarii dowiodły, że rysie mogą również stosunkowo dobrze adaptować się do życia w rejonach o stosunkowo niskim pokryciu terenu przez lasy (Breitenmoser-Würsten i in. 2001). Jednak również tutaj najczęściej spotykane były w miejscach charakteryzujących się zwartym drzewostanem i/bądź zakrzaczeniami. Badania telemetryczne rysi prowadzone na terenie Puszczy Białowieskiej wykazały, że drapieżnik ten podczas migracji przemieszcza się głównie wewnątrz zwartych drzewostanów (Schmidt 2013).