Fragmentacja i degradacja siedlisk.
Rysie należą do gatunków konserwatywnych, ściśle zależnych od rozległych i spełniających odpowiednie wymagania siedliskowe obszarów leśnych.
Z uwagi na duże wymagania przestrzenne rysi zagęszczenie ich populacji jest bardzo niskie, dlatego nawet największe kompleksy leśne (jak np. Puszcza Białowieska) mają niewystarczającą powierzchnię do utrzymania żywotnych populacji. Aby rysie w Polsce mogły przetrwać, niezbędne jest swobodne przemieszczanie się tych zwierząt w obrębie dostępnego środowiska, co sprzyja utrzymywaniu różnorodności genetycznej i odpowiedniej liczebności w różnych częściach zasięgu populacji. Funkcję szlaków migracji dla rysia pełnią leśne korytarze ekologiczne. Trwałość populacji występującej w Polsce zależy zarówno od lokalnych możliwości migracyjnych (pomiędzy poszczególnymi kompleksami leśnymi), jak i od jej łączności z populacjami źródłowymi w Karpatach i krajach Europy Wschodniej. Zachowanie łączności ekologicznej w Polsce jest jednak poważnie zagrożone z uwagi na brak prawnej ochrony korytarzy migracyjnych, chaotyczną politykę przestrzenną na poziomie gmin, intensywny rozwój sieci transportowej i realizację wielkoskalowych inwestycji w dotychczas zwartych siedliskach tych zwierząt. W warunkach Polski istotnym zagrożeniem dla populacji karpackiej jest rozwój inwestycji narciarskich w ostojach tych zwierząt. W środowiskach o wysokim stopniu fragmentacji kompleksów leśnych, niskie zagęszczenie populacji i wolne tempo rozrodu wpływają na niski potencjał regeneracji populacji.