Na aktualny zasięg gatunku bardzo istotny wpływ miało prześladowanie przez ludzi, dlatego też siedliska obecnie wykorzystywane przez niedźwiedzie niekoniecznie muszą być najbardziej odpowiednie dla tego gatunku (Gibeau 1998). Obszary zajmowane przez niedźwiedzie muszą obfitować w preferowany przez nie pokarm, ale także dawać możliwość ukrycia się, co zazwyczaj zapewniają zwarte kompleksy leśne (Swenson i in. 2000). Za obszary optymalne dla niedźwiedzi uważne są więc tereny będące mozaiką lasów i siedlisk otwartych (Nielsen i in. 2004b). Ponadto, różne rodzaje aktywności niedźwiedzi mogą wymagać odmiennych siedlisk. Badania skandynawskie wskazują, że inne są preferencje siedliskowe niedźwiedzi w czasie żerowania, a inne w czasie spoczynku (Moe i in. 2007). W Polsce niedźwiedź brunatny występuje głównie w regionach górskich i podgórskich, w drzewostanach mieszanych i iglastych o stosunkowo naturalnym charakterze. Te same drzewostany zasiedlane są również w Czechach i na Słowacji. Większość stwierdzeń gatunku zlokalizowana jest w regionach górskich na wysokości od 700 do 1250 m n.p.m.