Największym zagrożeniem dla populacji rysia na terenie Czeskiej Republiki jest kłusownictwo. W latach 2000-2002 w Beskidach znaleziono 3 osobniki, które padły ofiarą kłusowników i jednego rysia zabitego w wyniku zderzenia z samochodem (Bartošová, 2003). Ale jest to tylko czubek góry lodowej, o czym świadczą badania telemetryczne prowadzone na Szumawie, gdzie 7 z 14 monitorowanych osobników najprawdopodobniej zginęło w skutek kłusownictwa (Koubek & Červený 2003c). W latach 1990-1998 w populacji czesko-bawarsko-austriackiej zanotowano 35 ukłusowanych rysi, co stanowi ponad 77% z zarejestrowanej śmiertelności rysia (Wölfl et al., 2001).

Rysie zabite na drogach są niepowetowana stratą dla populacji, zwłaszcza w pobrzeżnych częściach obszarów ich występowania. W latach 2001-2012 w okolicy Malej Fatry (powiaty Dolny Kubin, Martin i Żylina) zanotowano sześć śmiertelnych przypadków potrącenia rysia przez samochód (Kalaš, 2012b). Ostatni przypadek śmierci rysia na drodze na terenie Czeskiej Republiki został zgłoszony jesienią 2013 roku, na autostradzie D1 niedaleko gminy obce Koberovice u Humpolca. Najprawdopodobniej był to migrujący osobnik.

Nietylko transport, ale także strata siedlisk i fragmentacja środowiska wywołana budową infrastruktury drogowej czy terenów przemysłowych długotrwale zagraża populacji rysi. W porównaniu z wilkiem czy niedźwiedziem, ten drapieżnik z rodziny kotowatych ma małe umiejętności dyspersji, co może prowadzić do stopniowej izolacji i utraty różnorodności genetycznej populacji.